PCR Testi Nedir? PCR Testi Nasıl Yapılır? Kimler PCR Testi Yaptırmalıdır?

Son 20 yılda ortaya çıkan diğer 3 türü daha şiddetli ve hatta ölümcül hastalıklara neden olmaktadır:

· 2002’de Şiddetli Akut Solunum Sendromundan (SARS) sorumlu SARS-CoV,

· 2012’de Orta Doğu Solunum Sendromu (MERS) MERS-CoV ve

· 2019’un sonlarında,  Çin’in Wuhan kentinde bir grup pnömoni vakası ile tanımlanan SARS-CoV-2.

COVID-19, SARS ve MERS gibi, çocuklarda daha hafif belirtiler gösterme eğilimindedir. Yetişkinlerden daha iyi prognoza sahiptir ve daha nadir görülür.

Şu anda mevcut kanıtlar, COVID-19’un kişiden kişiye birkaç farklı yoldan bulaşabileceğini göstermektedir. İnsan koronavirüslerinin birincil bulaşma şekli, nefes alma, hapşırma, öksürme ile oluşan solunum damlacıkları yoluyla kişiden kişiye temasın yanı sıra kişiyle doğrudan temas şeklindedir. Enfekte hasta ile dolaylı temas ise, virüs ile kirlenmiş yüzeylerden ağza, buruna veya gözlere elle aktarılması yoluyla olur.

Covid-19 enfeksiyonunun tanı ve taramasıyla ilgili başlıca üç tespit yöntemi bulunmaktadır:

· Nükleik asit testleri: Viral RNA varlığını tespit eder. Tipik olarak bunlar RT-PCR’ye (Polimeraz Zincir Reaksiyonu) dayalı bir çoğaltma (amplifikasyon) adımı kullanır.

· Antijen testleri: Virüs yüzey proteininin parçası olan bir antijenin varlığını tespit eder.

· Antikor testleri: SARS-CoV-2’ye karşı üretilen antikorların varlığını tespit eder.

Covid-19 şüpheli veya tarama amaçlı başvuranlarda burun (nazal) ve boğazdan (orofarenks) sürüntü alınır.

· Öncelikle swab (sürüntü çubuğu)  ağızdan girilerek boğazın arka duvarına kadar ilerletilir ve sürüntü alınır.

· Sonra aynı swab ile burun deliğinden girilir, derine kadar ilerletilir ve döndürerek çıkarılır. Taşıma besiyerine konur ve PCR laboratuvarına iletilir.

· Örnek alma zamanı, hastalığın şiddeti,   sürüntüyü alma becerisi sonuçları etkileyebilmektedir.

Pamuğa alınan salgı örneklerinde PCR birimlerinde nükleik asit testleri (NAAT’ler) ile doğrudan çoğaltma yapılıp belli bir konsantrasyona getirilen genetik materyalden virüs varlığı tespit edilir.

Tanıda en yaygın olarak kullanılan yöntem ters transkripsiyon polimeraz zincir reaksiyonudur (RT-PCR).

Farklı testler SARS-CoV-2 genomunun farklı bölgelerini tespit eder. Bazıları nükleokapsid (N), zarf (E) ve sivri uç (S) genleri ve RNA’ya bağımlı RNA polimeraz (RdRp) geni dahil olmak üzere iki veya daha fazla geni hedeflerler.

SARS-CoV-2 tanısında kullanılan PCR testi için örnekler;

· üst solunum yollarından (nazofaringeal, orofaringeal bölgeler, nazal aspirat, nazal yıkama veya tükürük),

· alt solunum yollarından (balgam, trakeal aspirat, bronkoalveolar lavaj – BAL) alınabilir.

Viral RNA yayılımı belirtiler başladığında daha yüksektir ve günler, haftalar sonra azalır.

· Enfeksiyonun seyri boyunca, PCR ile viral RNA saptanması, solunum yolu örneklerinde belirtilerin başlamasından 1-2 gün önce tanımlanmıştır ve hafif vakalarda 8 güne kadar devam edebilmektedir.

· Ağır vakalarda virüsün saptanması daha uzun süre devam edebilir, enfeksiyondan sonraki 2. haftada pik yapar.

· Nazofaringeal sürüntülerden ve dışkıdan (pediatrik hastalarda enfeksiyondan bir aydan fazla bir süre sonra) uzun süreli viral RNA yayılımı bildirilmiştir.

· Bulaşıcı virüs, hastalığın başlamasından sonraki 8. güne kadar tespit edilmiştir.

PCR ile viral RNA’nın uzun süre tespiti (hastalık başlangıcından 15 gün sonra),

· erkek cinsiyet,

· yaşlılık,

· hipertansiyon,

· hastaneye yatışta gecikme,

· başvuru sırasında ağır hastalık,

· invazif mekanik ventilasyon,

· kortikosteroid tedavisi ile ilişkilidir.

PCR testi hastanelerin Mikrobiyoloji Bölümlerindeki laboratuvar ünitelerinde yapılır. Halihazırda kamu hastaneleri başta olmak üzere özel hastanelerin mikrobiyoloji laboratuvarlarında ve PCR çalışma birimi bulunan özel laboratuvarlarda da PCR testi yapılmaktadır. Bir birimin PCR testi yapabilmesi ve sonuç verebilmesi için gerekli akreditasyonlara sahip olması ve doğru sonuç verebilmesi için sistem optimizasyonunun (çoğaltma işleminin doğru gen bölgesine yeterli miktarda uygulanması olarak özetleyebiliriz) yapılmış olması gerekir.

Covid-19’a bağlı olabilecek belirtileri olan hastalardan nasal sürüntü örneği alınarak PCR testi ile tanı konur.

Hastanın belirtileri varken Covid-19’a henüz karşı antikor oluşmamıştır. Covid-19 antikorları kişinin virüse maruz kaldığını veya hastalandığını gösteri. Belirtiler ortaya çıktıktan iki hafta sonra antikor testleri yapılması önerilir.

Grup Florence Nightingale Hastaneleri Mikrobiyoloji Bölümü PCR Laboratuvarında çalışılan PCR test sonuçları, Sağlık Bakanlığı tarafından belirlenen sistem üzerine işlenmekte ve kişinin e-nabız sisteminden de takip edilebilmektedir.

Mart ayından itibaren Covid-19 PCR testi çalışan yetkili laboratuvarlar arasında yer alan Grup Florence Nightingale Hastaneleri, Halk Sağlığı Genel Müdürlüğü tarafından yapılan dış kalite kontrol çalışmaları programına da üyedir ve çalışma sonuçlarında yüksek doğruluk oranına sahiptir.

PCR cihazında gen bölgesi çoğaltıldıktan sonra ürünler jel ortamda elektrik verilerek bir kontrol ürün ile birlikte koşturulur (elektroforez). Kontrol ürünün moleküler ağırlığı bilinir. Buna göre PCR ürünlerinin moleküler ağırlığına göre ulaştığı yer okunarak (moleküler ağırlığı büyük olan ürün geride kalır) test sonucunun pozitif veya negatif olduğu raporlanır.

PCR testi pozitif çıkan kişi Covid-19 ile enfekte olmuş demektir. Böyle durumdaki kişiler hemen izole edilir ve temaslı olduğu/geçmişte temas ettiği kişiler taranarak hasta olanların toplumdan izole edilmesi yoluna gidilir.

· RT-PCR testinin doğruluğunu karşılaştıran veriler, test duyarlılığının örnek türüne göre değişebileceğini göstermektedir.

· Viral RNA seviyelerinin nazal örneklerde daha yüksek olduğunu ve oral örneklerle karşılaştırıldığında daha sık tespit edildiğini ileri süren çalışmalar vardır.

· Covid-19 için solunum örneklerinde viral RNA’nın PCR ile tanısı, klinik, enfeksiyon kontrolü ve halk sağlığı yönetimi için karar vermeyi destekler.

· Covid-19 benzeri belirtileri olan hastaların tanısında SARS-CoV-2 tespiti, sağlık tesislerinde hasta bakımı, triyaj ve izolasyon için gereklidir.

· PCR testi, temaslı izleme veya yakın temaslıların asemptomatik enfeksiyon ve hastalık taraması için de kullanılabilir.

· PCR taraması özellikle uzun süreli bakım evleri gibi kapalı kurumlarda yaşayan riskli kişilere viral bulaşmanın önlenmesi ve erken kontrolü için de önem arz eder.

· SARS-CoV-2 için pozitif RT-PCR sonucu, genellikle Covid-19 tanısını doğrular. Ek tanı testi gerekli değildir.

· Covid-19 hastalarında belirtilerin başlamasından haftalar sonra üst solunum yolu örneklerinde SARS-CoV-2 RNA’sı saptanabilir. Bununla birlikte, uzamış viral RNA tespiti mutlaka devam eden bulaşıcılığı göstermez.

· İlk test negatifse, ancak Covid-19 şüphesi devam ediyorsa (belirti varlığı gibi)  testin tekrarı önerilir.

· Test tekrarı için en uygun zaman genellikle ilk testten 24 ila 48 saat sonradır. 24 saat içinde testin tekrarlanması önerilmemektedir.

· PCR ile saptanabilen viral yükü hastalık şiddetini ve prognozu değerlendirmek için yararlı bir belirteç olabilir. Şiddetli vakalardaki viral yüklerin, hafif vakalara göre 60 kat daha fazla olduğunu gösterilmiştir.

Covid-19 PCR testi ile ilgili merak ettiğiniz konuları Grup Florence Nightingale Hastaneleri’nin uzman ekibine sorabilir, sorunuzla ilgili öneriler isteyebilirsiniz. Bize ulaşmak için web sitemizde yer alan iletişim formunu kullanabilir ya da 444 0436 numaralı telefonu arayabilirsiniz.